По сюжету в волшебной красочной стране музыки под названием Пэпперленд (Pepperland) обнаруживаются Синие Злюки, цель которых заморозить всё и всех вокруг. Им даже удалось сковать во льдах само сердце Пэпперлэнда – Оркестр Клуба Одиноких Сердец Сержанта Пэппера. Оставшись без своего главного источника жизненной энергии, жители сказочной страны отправляют Фреда на поиски музыки. Он забирается в ту самую желтую субмарину и, не успев далеко уплыть, встречает группу The Beatles, которые с радостью соглашаются помочь юноше прогнать своей музыкой незваных гостей. Повстречав еще одного знакомого, все вместе они путешествую по морям Времени, Науки, Монстров и Дырок. Как и задумывали друзья, мелодии легендарной ливерпульской четверки пробуждает весь сказочный мирок Пэпперленда и даже обращает синих чудовищ на сторону добра.